現地時間2日17時47分（北京時間16時47分）、同日午後東京・羽田空港に着陸した日本航空の旅客機が海上保安庁の航空機と衝突し、大火災が発生した。報道によると、日本航空の乗客乗員379人全員が脱出したという。海上保安庁機では乗員５人が死亡、機長が重傷を負った。
海保機は当初、救援物資を届けるために石川県地震の被災地に飛ぶ予定だったが、派遣所の指示に従わず、２機が「追突」したという。
国土交通省と海上保安庁が記者会見を行った。同日、東京・羽田空港で起きた航空機衝突事故を当局が航空事故と認定し、運輸安全委員会に通報したと発表した。
日本航空が開いた記者会見で同社担当者はこう語った。同日、東京・羽田空港で海上保安庁航空機と衝突した日航旅客機は、事故前に同空港から着陸許可を受けていた。
乗組員によると、同機は滑走路に近づき、通常と同じように着陸作業を開始したという。
同日、東京・羽田空港での航空機衝突事故の影響を受けた日本航空が発表したニュースによると、同社は２日、国内線計１１６便を欠航し、乗客約１万９９２０人に影響した。