日本の当局は、東京の羽田空港で起きた死亡事故の直前の航空管制での会話の完全な記録を公開した。記録には、空港の管制塔と、日本航空JAL所属の旅客機と海上保安庁の小型航空機の2機との間の通信が記録されている。タワーレコードによると、JAL機は着陸を許可された一方、沿岸警備隊機は滑走路の隣の駐機場で待機するよう指示されたという。

日本の運輸省が公表した記録によると、海上保安庁の飛行機は衝突前に滑走路の隣に停止するよう管制に命令を確認したとみられる。

しかし、沿岸警備隊当局者によると、乗員６人のうち唯一生き残った小型機の機長は、許可を得て滑走路に入ったと述べたという。

日本航空の旅客機に乗っていたパイロットたちは当初、衝突後に飛行機が発火したことに気づいていなかったが、写真には飛行機が炎に包まれているのが写っていたと国営放送NHKが報じた。

同放送が日本航空の話として報じたところによると、客室乗務員は飛行機が燃えていることをコックピットに伝えたという。ほとんどの航空会社の規定によれば、客室乗務員は重大な火災などの特定の状況において避難命令を出す権限を持っています。

火曜日、北海道発の日本航空516便が突然炎上した。乗客乗員379人全員が飛行機から脱出することができた。大型ワイドボディ旅客機A350と衝突した沿岸警備隊のターボプロップ機ボンバルディア・ダッシュ8機に乗っていた5人が死亡、残骸から脱出したパイロットが重傷を負った。

当局は現在、２機がどのようにして同じ滑走路に落ちたのかを含め、正確に何が起こったのかを調査している。

米国の規制当局が発表した勧告のコピーによると、捜査当局が注目する可能性のあることの一つは、誤回転を防ぐための追加の安全対策として駐機場に埋め込まれた信号機のストリップが効果がなかったことを示す、事故前にパイロットに送られた通知だという。

地元メディアによると、東京警察も業務上過失が事故につながった可能性があるかどうかを別途捜査している。

元日航機長で航空アナリストの小林弘幸氏は「人為的ミスの可能性が高い。航空機事故は単一の問題で起こることはまれで、今回は２つ、３つ問題が重なって事故が起きたのではないか」と語った。