MITの研究者らは、真核生物から多数のプログラム可能なDNA切断酵素ファンゾールを発見し、RNA誘導ツールの遺伝子編集の可能性を拡大し、特にヒト細胞において、より正確かつ効率的なゲノム改変の可能性を切り開いた。
新しい研究により、ファンゾールと呼ばれるRNA誘導型酵素が真核生物に広く普及していることが判明した。カタツムリから藻類、アメーバに至るまで、さまざまな種がファンゾールと呼ばれるプログラム可能な DNA 切断酵素を作っています。マサチューセッツ工科大学マクガバン脳研究所の科学者らによる新しい研究で、そのような酵素が数千個発見されました。
ファンザーは、細菌の酵素と同様に、特定の部位で DNA を切断するようにプログラムできる RNA 誘導型酵素で、広く使用されている遺伝子編集システム CRISPR の原動力となります。最近、雑誌 Science Advances は、新たに発見された天然の Fanzor 酵素の多様性を報告し、新しい研究や医療ツールに組み込むことができるプログラム可能な酵素の幅広いセットを科学者に提供しました。
マクガバンフェローのジョナサン・グッテンバーグ氏と共同研究を主導したマクガバンフェローのオマール・アブダエ氏は、「RNA誘導生物学では、非常に使いやすいプログラム可能なツールを作成できる。したがって、発見できることが多ければ多いほど良い」と述べた。
CRISPR は、実験室における RNA 誘導型酵素の有用性を明確に実証する古代の細菌防御システムです。 MIT の教授とマクガバンフェローの Zhang Feng、Abudaye、Guttenberg らが開発した CRISPR ベースのゲノム編集ツールは、科学者による DNA 修飾の方法を変え、研究プロセスを加速し、多くの実験的な遺伝子治療の開発に貢献しました。
その後、研究者らは細菌界で他の RNA 誘導型酵素を発見しており、その多くは研究室で価値のある性質を持っています。張氏のグループは今年初めに、RNAに誘導されてDNAを切断できるファンゾールの発見を報告し、RNAに誘導される生物学の新たな分野を切り開いた。
ファンゾールは、真核生物で発見されたこのタイプの最初の酵素です。真核生物は、植物、動物、菌類を含む大きな生命体のグループであり、各細胞の遺伝物質を保持する膜で囲まれた核によって定義されます。 (核のない細菌は原核生物です)。
「人々は長い間、原核生物システムにおける興味深いツールを探してきました。そして、これが信じられないほどの結果をもたらしたと思います」とグーテンベルク氏は語った。 「真核生物システムは、まったく新しい作業場所です。」
1 つの希望は、真核生物で自然に進化した酵素が、ヒトを含む他の真核生物の細胞で安全かつ効率的に機能するのに適しているのではないかということです。研究チームは、Fanzor酵素がヒト細胞内の特定のDNA配列を正確に切断できることを実証した。
新しい研究で、Abudayeh と Guttenberg は、一部の Fanzor が最適化されていない場合でもヒト細胞の DNA 配列を標的にできることを発見しました。それらは哺乳類の細胞内で驚くほど効率的に働きます。
この研究に先立って、真核生物から数百のファンゾールが発見されていました。研究室メンバーのジャスティン・リムが率いる遺伝子データベースの大規模な検索を通じて、グッテンバーグとアブダイのチームは現在、これらの酵素の既知の多様性を一桁拡大しました。
真核生物および真核生物に感染するウイルスで見つかった 3,600 を超えるファンゾールの中から、研究者らは 5 つの異なる酵素ファミリーを特定することができました。これらの酵素の正確な構成を比較することで、彼らは長い進化の歴史の証拠を発見した。
ファンゾールは、おそらく TnpB と呼ばれる RNA 誘導性の DNA 切断細菌酵素から進化したと考えられます。実際、Zhang の研究グループと Guttenberg と Abudaye のチームが最初に注目したのは、Fanzors とこれらの細菌酵素との遺伝的類似性でした。
研究者らが追跡した進化的つながりは、ファンゾールのこれらの細菌前駆体が進化を開始するために真核細胞に複数回侵入した可能性が高いことを示唆しています。これらのうちのいくつかはウイルスによって伝染する可能性がありますが、他のものは共生細菌によって導入される可能性があります。この研究はまた、これらの酵素が真核生物に取り込まれた後、DNAにアクセスできる細胞核への侵入を可能にするシグナルなど、新しい環境に適応した特性を進化させたことも示している。
生物工学大学院生のKaiyi Jiang氏が主導した遺伝子および生化学実験を通じて、研究チームは、ファンゾールが前任者の細菌の活性部位とは異なるDNA切断活性部位を進化させたことを突き止めた。 TnpB の祖先が試験管内の DNA 配列を標的にすると活性化され、試験管内の他の配列を切断します。ファンゾールにはこのような無秩序な活動がありません。 RNAガイドを使用して酵素を誘導し、ヒト細胞のゲノムの特定の部位を切断したところ、特定のFanzorがこれらの標的配列を約10〜20パーセントの効率で切断できることが判明した。
研究が進むにつれて、Abudayeh と Guttenberg は、Fanzors を使用してさまざまな洗練されたゲノム編集ツールを開発したいと考えています。「これは新しいプラットフォームであり、多くの機能を備えています。真核生物コミュニティ全体をこの種の RNA 誘導システムに開放することで、多くの研究の機会が得られるでしょう。」