トランプ米大統領がハーバード大学の非課税資格を剥奪されるべきだと述べたことに対し、ハーバード大学は反撃し、この措置は同大学の使命を果たす能力を危うくし、米国の高等教育に脅威をもたらすと警告した。ハーバード大学の広報担当ジェイソン・ニュートン氏は声明で、「ハーバード大学の非課税ステータスの解除を支持する法的根拠はない」と述べた。

この動きはハーバード大学の医学研究活動と学生に経済的援助を提供する能力に悪影響を与えるだろう」とニュートン教授は、この「戦術」を使うことはアメリカの高等教育の将来に「重大な結果」をもたらすだろうと警告した。
トランプ大統領は、全米最古で最も裕福な大学であるハーバード大学が政権の要求を受け入れることを拒否したことを受け、同大学に対する闘いを強化した。今週、米政府はハーバード大学への複数年にわたる22億ドル以上の資金提供を凍結し、トランプ大統領はまた、内国歳入庁がハーバード大学を「政治的実体」として課税すべきだと示唆した。その後、国土安全保障長官は、学校が外国人学生を募集するのを阻止すると脅した。
ホワイトハウスはエリート教育制度の改革に取り組んでいる、大学は反ユダヤ主義との闘いにもっと積極的に取り組むべきだと述べた。しかし、この一連の措置は、政府の行動が言論の自由を抑圧し、学問の自由を危険にさらしているのではないかという外界の懸念も引き起こした。
ハーバード大学のアラン・ガーバー学長は、同大学は反ユダヤ主義と闘うために政府に協力する用意があると述べたが、当局の要請は同大学の真の意図がそうではないことを示していると述べた。ハーバード大学は、政府が同校の教育内容、採用基準、入学決定に干渉しようとしていると指摘し、ハーバード大学は「憲法で認められた独立性と権利を放棄するつもりはない」と述べた。
元ハーバード大学学長のラリー・サマーズ氏は、ハーバード大学に対するトランプ大統領の攻撃は孤立したものではないと述べた。
ホワイトハウスのハリソン・フィールズ報道官は、トランプ大統領がハーバード大学に納税を求めるずっと前から、IRSが同校の非課税状況を調査していたと述べた。同氏は「今後IRSが講じるあらゆる行動は大統領とは独立して行われる」と付け加えた。